Este departamento gestiona los programas o proyectos de conservación llevados a cabo en el centro. Uno de los de mayor importancia actualmente, es el llamado “Aves, un mundo por descubrir”, llevado a cabo por el Centro Natura Parc (NP) conjuntamente con la Fundación Natura Parc (FNP). Para este proyecto se cuenta con una de las mayores colecciones zoológicas de aves de España (más de 500 especies) y por consiguiente, una fuente genética inmensa para su conservación. La clase Aves es una de la más grandes de todo el reino animal y una de las más amenazadas. Su estatus de conservación actual es tan preocupante que es considerada por muchos especialistas como la “sexta extinción”. Nuestro centro se dedica casi en su totalidad al mundo de las aves. El cual sufre de una gran marginación, con baja densidad de individuos en la mayor parte de centros zoológicos de Europa, en relación con los mamíferos. Varios factores añadidos son obstaculo a la hora de plantear programas serios de conservación, cuando se trata de aves. La dificultad de su mantenimiento, la corta vida de la mayoría de las especies y la dificultad de encontrar individuos para mejorar su genética, son los más difíciles de flanquear.
El Centro Natura Parc, desde siempre entendió este desafío y desde sus inicios, intentó enfocar sus esfuerzos a la resolución de estas dificultades. Actualmente, cuenta con las herramientas suficientes y es por eso que Natura Parc junto con su Fundación, centren todos sus esfuerzos en la conservación de esta clase.
Otros proyectos o programas destacados, pueden contarse entre:
. Proyecto Animales Invasores (Baleares, Conocer y Educar): NP y FNP.
. Programa de Cría y Conservación de Fauna Silvestre de las Islas Baleares.
. Proyecto Animales Irrecuperables, Abandonados y Maltratados (Número de animales, especies en el Zoo): NP, FNP y COFIB.
. Proyecto Cerceta Pardilla (Recuperación en Baleares).
. Proyecto Aquila fasciata (Reintroducción en Baleares): NP y FNP.
. Programa de Cría y Reintroducción del Milano Real (Milvus milvus).
. Programa de Cría de Grullas (Familia Gruidae).
. Programa de Cría de Palomas de la Fruta (Género Treron)
. Programa de Cría y Conservación del Buitre Negro (Aegypius monachus).
. Programa Cría de Takin (Budocras taxicolor).
. Programa de Conservación Lemures de Cola Anillada.